藍藻爆發的治理措施如下：

1、藍藻等藻類是鰱、鳙的食物，可以通過投放它們來治理藻類，防止藍藻爆發（非經典的生物操縱）。

2、可以用活性碳凈水器對被污染水源進行凈化。

3、平衡氮磷比例，通過潑灑無機磷改變氮磷的比例，加快培育綠藻和硅藻等有益藻類快速生長成為優勢藻種來抑制藍藻生長，從而改善藍藻過度繁殖的狀況。?

4、潑灑沸石粉10公斤/畝，使之絮凝藍藻。

藍藻爆發的危害：

大規模的藍藻爆發，引起水質惡化，嚴重時耗盡水中氧氣而造成魚類的死亡。更為嚴重的是，藍藻中有些種類（如微囊藻）還會產生微囊藻毒素（microcystins，簡稱MCs），MCs除了直接對魚類、人畜產生毒害之外，也是肝癌的重要誘因。
藍藻爆發的原因：

1、藍藻并不可能在常溫條件下大規模暴發，水溫25—35℃時，藍藻的生長速度才會比其他藻類快，故溫度是藍藻暴發的主要因素之一。

2、養殖水體中富營養化，藍藻比較容易生長，所以不經常換水的池塘往往更容易暴發藍藻。包括化肥流失、畜禽養殖，畜禽的糞便含有大量營養廢物如氮和磷，這些元素都能導致富營養化。

3、藍藻使水體缺氧，使動物死亡，分解者分解是又消耗氧氣，造成惡性循環。

4、工業污染，生活污水，包括人類的生活廢水和含磷清潔劑。